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Pour mener à bien ses activités de protection sur l’étendue du territoire congolais, le Cluster Protection dispose de représentations nationales, provinciales et territoriales. Ainsi, au niveau national et plus précisément à Kinshasa, se trouve le Cluster Protection National dont la principale fonction est la coordination nationale des activités du Cluster Protection. Il est composé de quatre (04) groupes thématiques -en plus du domaine de la protection générale ou "stand-alone"- qui coordonnent à l’échelle nationale, les activités relevant de leurs domaines de responsabilité. Il s’agit en l’occurrence du :

GTPE (Groupe de Travail Protection de l’Enfant) dont le mandat est la protection de l’enfance dans les situations de crise humanitaire ; 
SC-VBG (Sous-Cluster Violences Basées sur le Genre) qui a pour but d’assurer la prévention, l’atténuation des risques et la réponse en matière de Violences Basées sur le Genre ; 
GT-LTP (Groupe de Travail Logement Terre et Propriété) qui traite des problématiques liées au foncier, à l’habitat et à la propriété dans un contexte de crise humanitaire en RDC ; 
GT-LAM (Groupe de Travail Lutte Anti-Mines) en charge de la réponse nationale de lutte anti-mine en RDC. 

Au niveau provincial, le Cluster Protection est représenté par des clusters provinciaux. Les sous-clusters sont également représentés aux niveaux provinciaux et territoriaux.  Les zones de couverture du Cluster Protection sont les régions les plus affectées par les conflits armés et déplacements de population.